Фамилия Тышковская образована от мужской формы Тышковский, а та, в свою очередь, — от польско-украинской уменьшительной формы канонического имени Тимофей. В древнегреческом языке это имя означало «почитающий бога». Если отбросить типичный для шляхетских и дворянских фамилий суффикс -ский, останется основа Тышко — так в Польше и на западнорусских землях ласково или буднично звали Тимофея. Именно это простонародное, обиходное звучание основы — главная улика: несмотря на аристократичный вид фамилии, её родоначальник, скорее всего, не принадлежал к знати. Потомок человека по имени Тышко со временем получил фамилию Тышковский, а женщина из этого рода стала писаться Тышковской.

Словообразовательная модель здесь двойная. Сначала польско-украинская народная форма Тышко заменила церковное Тимофей, а затем к ней добавили суффикс -ский, который в восточнославянской традиции чаще указывал на принадлежность к месту или роду, но в данном случае выполнил скорее «облагораживающую» функцию, придав фамилии панское звучание. Подобные случаи, когда крестьянское прозвище обрастало дворянским окончанием, не редкость на территории Речи Посполитой, где граница между сословиями была более подвижной, чем в Московском царстве.

Интересно, что фамилия сохранила именно женскую форму Тышковская, которая в русском языке традиционно использовалась для замужних женщин и вдов, в то время как в польской традиции она же могла указывать на незамужнюю девушку. В современном употреблении эта форма давно стала самостоятельной и не несёт сословного или семейного статуса — она просто наследуется по женской линии.

Стоит упомянуть и о возможной географической привязке. Фамилии на -ский часто возникали от названий сёл, и нельзя полностью исключать, что где-то существовало поселение Тышково или Тышков, житель которого получил прозвище Тышковский. Однако более вероятным остаётся путь от личного имени Тышко, поскольку такая уменьшительная форма была широко распространена и не требовала привязки к конкретному месту. В любом случае, корень фамилии один — имя Тимофей в его народном, тёплом звучании.