Фамилия Угниенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. В основе лежит прозвище или имя Угни́й, а суффикс -енко в украинской традиции обычно указывал на «сына» или «потомка»: Угниенко — «сын Угния». Такие фамилии в XVII–XVIII веках были распространены среди казацкой старшины, мещан и крестьян Левобережной и Слободской Украины.

Корень слова — «угни-», который восходит к глаголу «угнити» (украинское «угнiти» — сгнить, загнить) или существительному «угни́й» — нечто гнилое, трухлявое. Прозвище Угний могли дать человеку с нездоровыми зубами, либо тому, кто занимался переработкой гнилого дерева (например, добывал трутовик для растопки), либо имел отношение к болотистой местности, где всё преет. Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным «угнуть» (согнуть, наклонить), но тогда основа была бы «угн-», а не «угни-».

Фамилия довольно редкая. Основной ареал её бытования — южные и центральные области Украины, особенно Полтавщина и Черкасщина, откуда в XIX веке часть носителей переселилась на Кубань и в Ставрополье. В России фамилия встречается в основном в Краснодарском крае и Ростовской области.

Интересная деталь: в отличие от массовых фамилий на -енко (Шевченко, Бондаренко), Угниенко не имеет очевидной профессиональной основы. Это прозвищная фамилия, что делает её этимологию менее прозрачной и более спорной. Встречаются варианты написания — Угнеенко (с ударением на второй слог), но нормативным считается Угниенко. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — её носители относились к казачьему или крестьянскому сословию.