Фамилия Упеньек — редкий случай, когда географическое происхождение прослеживается почти наверняка, а вот с корнем всё сложнее. Самая надёжная зацепка — суффикс «-ек». В русских фамилиях он почти не встречается, зато характерен для польского и чешского языков. В польском суффикс «-ек» — уменьшительный, аналог русского «-ок» или «-ик». Значит, перед нами фамилия западнославянского типа, скорее всего польская, и образована она от прозвища или личного имени.

Основа «Упень» — вот главная загадка. В польском языке есть слово «upień», которое может означать «улей» (диалектное) или же быть производным от «pień» — «пень». Если так, то прозвище Упень мог получить человек, живший у пня, коренастый, как пень, или занимавшийся бортничеством (лесным пчеловодством). Однако более вероятна версия, что «Упень» — это усечённая форма от имени типа «Упенек» или «Упенька», которое, в свою очередь, могло быть вариантом крестильного имени. Например, от Ипполит (в польской народной форме) или от Иувеналий. В польской ономастике есть фамилии Упень (Upień) и Упенек (Upieniek), что подтверждает реальность такой модели.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает отсеять лишнее. В России фамилия Упеньек почти не встречается — это штучный случай, скорее всего, результат миграции из Польши или Западной Украины в XIX–XX веках. Там же, в польских землях, суффикс «-ек» был настолько распространён, что мог присоединяться прямо к прозвищу: «Упень» + «ек» даёт «маленький Упень» или «сын Упеня». Таким образом, первый носитель фамилии — скорее всего, незнатный крестьянин или ремесленник, которого прозвали по какой-то примете, и это прозвище закрепилось за потомками в виде фамилии.

Других версий, например, балтийского или тюркского корня, рассматривать не стоит — слово «упень» не даёт для них оснований. Итак, фамилия Упеньек — западнославянская, вероятно польская, с прозрачным суффиксом и тёмной, но логичной основой, которая отсылает к прозвищу, связанному либо с внешностью, либо с родом занятий.