Фамилия Упенэк — редкий случай, когда основа слова ясна, а происхождение почти наверняка связано с географией. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ин, эта имеет польский или белорусский суффикс -ек, который образует уменьшительные или прозвищные формы. Корень «упен-» скорее всего восходит к топониму Упена — такое название носит река в Литве и несколько небольших поселений на территории бывшей Речи Посполитой. Таким образом, Упенэк — это человек, выходец с Упены, то есть «тот, кто с речки Упены» или «житель села Упена». Модель образования типична для восточнославянских фамилий-прозвищ по месту жительства, но с польским суффиксом, что указывает на западные земли (современные Беларусь, Литва или восточная Польша).

Вторая версия, менее вероятная, — связь с диалектным глаголом «упенять» (упрекать, укорять), но в таком случае форма была бы скорее Упеня или Упенов, а не Упенэк. Прозвище Упеня в русских говорах фиксировалось, но суффикс -ек при нём дал бы значение «сын Упени» — и это возможно, если носитель был младшим в роду. Правдоподобнее всё же топонимическое объяснение: фамилия компактно бытует в западных регионах, где много названий на Уп- (ср. литовское upė — «река»). В центральной России она почти не встречается, что подтверждает её локальный характер.

Социально Упенэк — скорее всего фамилия крестьянская или мещанская, возникшая не раньше XVII–XVIII веков, когда в Речи Посполитой закрепился обычай давать фамилии по месту рождения. Дворянской она не была: в гербовниках и списках шляхты такая не значится. Написание устойчивое, без вариантов вроде Упеняк или Упенек — суффикс -эк чётко указывает на польскую орфографию (ср. Капек, Янек). Если ваши предки носили эту фамилию, ищите их корни в Гродненской, Витебской губерниях или на территории современной Литвы.