Фамилия Упенникова — женская форма фамилии Упенников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ник- указывал на человека, связанного с местом или занятием (ср. Копейников, Сарафанников). Основа «Упен-» здесь ключевая, и она неочевидна.

Скорее всего, корень восходит к слову «упень» — в русских говорах так называли пень, колоду, а также неловкого, медлительного человека («стоит как упень»). Прозвище Упень могли дать либо коренастому, тяжелому на подъём человеку, либо тому, кто жил у большого пня или занимался корчеванием. Отсюда Упенник — сын или работник Упеня, а Упенниковы — его потомки.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным «упенок» (улей-дуплянка, борть). Тогда Упенников — бортник, добытчик дикого мёда. Эта гипотеза слабее: фамилии на -ник от названий пчёл и ульев встречаются реже (Пчельников, Бортников), а «упенок» — узколокальный термин.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Кировской областям — регионам, где сохранялись архаичные говоры и промыслы. В списках купцов и крестьян XIX века Упенниковы встречаются спорадически, но не массово, что говорит о редком прозвищном происхождении, а не о фамилии от календарного имени.

Суффикс -ов в мужской форме указывает на патроним: «чей сын?» — Упенников. Женская форма на -а — естественное грамматическое изменение. Никаких дворянских корней или связи с иностранными языками у этой фамилии нет. Всё упирается в пень, медведя-шатуна или бортника — в зависимости от того, насколько далеко предки жили от леса.