Фамилия Упеникова — женская форма фамилии Упеников, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы понять, откуда пошло прозвище. Упеников образована по продуктивной модели с суффиксом -ов, что указывает на принадлежность к главе семьи: «сын Упеника» или «из рода Упеника». Основа — прозвище Упеник, которое, скорее всего, связано с глаголом «упеть» или однокоренными словами.

В русских говорах «упеть» означало «успеть, поспеть вовремя», а «упеня» — торопливого, расторопного человека. Таким образом, Упеник — прозвище для того, кто всё делал быстро, не отставал от других, или, наоборот, для того, кто вечно спешил и суетился. Встречается и другая версия: от слова «пень» с приставкой у-, то есть «упень» — что-то вроде «у пня», прозвище человека, жившего у пня или коренастого, приземистого. Но первая версия (с «упеть») выглядит убедительнее, поскольку в русской ономастике немало фамилий, образованных от глагольных прозвищ, описывающих поведение.

Фамилия редкая и имеет региональную привязку. Основной ареал — северные и центральные области России: Архангельская, Вологодская, Кировская области. Встречается также в Пермском крае. В этих местах диалектное слово «упеть» было в ходу, что косвенно подтверждает происхождение. В переписных книгах XVII–XVIII веков, например, по Вятке, можно найти крестьян с прозвищем Упеник, но массово фамилия не распространилась.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, но здесь он стоит после основы на -ик, что создаёт двойной суффикс: -ик-ов. Такая модель характерна для прозвищ, которые сначала закрепились за человеком, а потом стали фамилией рода. Сравните с фамилиями Учеников, Путников — они образованы по тому же принципу: прозвище на -ик плюс притяжательный суффикс.

Женская форма Упеникова не несёт дополнительной смысловой нагрузки — это обычное грамматическое изменение. Носительницы фамилии могут встретить её в документах как в стандартном написании, так и с редким вариантом Упеникова (с ударением на второй слог). В целом фамилия указывает на предка, которого в деревне знали как торопливого или ловкого человека, что и стало его прозвищем. Никаких дворянских корней или известных исторических личностей за ней не числится — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, что типично для прозвищного происхождения.