Фамилия Упенков — редкий случай, когда основа почти наверняка не связана с именем или ремеслом, а происходит от прозвища. В её основе лежит слово «упень» — диалектный вариант слова «опень» (опёнок). В некоторых северных и центральных говорах (например, в ярославских и костромских) гриб-опёнок называли именно «упень». Прозвище Упень могли дать человеку маленького роста, невысокому и щуплому, либо тому, кто любил собирать грибы или промышлял их продажей.

Словообразовательная модель проста: к основе «Упен(ь)» добавился суффикс -к-, характерный для уменьшительных или обиходных форм, а затем фамильный суффикс -ов. Получается цепочка: прозвище Упень → Упенок (сын или потомок Упеня) → Упенков. Форма на -ов указывает на русское, а не украинское или белорусское происхождение фамилии. Раньше фамилия могла звучать как Упенкин, но вариант с -ов закрепился как более типичный для великорусской ономастики.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «упеть» — в старых говорах это могло означать «поспеть, успеть» или «употеть». Тогда Упень — человек, который всё успевал, расторопный. Но эта гипотеза слабее, так как глагольные прозвища такого типа встречаются реже, чем предметные, а диалектное «упень» в значении «опёнок» зафиксировано в словарях и даёт более прямую мотивацию.

Фамилия немногочисленная. Встречается в основном в центральной России и Поволжье — там, где бытовало слово «упень». Известно, что в XIX веке носители фамилии Упенковы числились крестьянами и мещанами, в основном в Костромской и Нижегородской губерниях. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет, что только подтверждает локальный характер прозвища. Родственные по смыслу, но не по корню — Опёнкин, Грибов, Грибков. А вот Упенков стоит особняком: он сохранил в себе редкое диалектное слово, которое за пределами нескольких областей уже почти забыли.