Фамилия Усеев образована от личного имени или прозвища, которое восходит к тюркскому корню «ус» — «мастер, ремесленник, искусник». В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «оста» или «уса» означало умельца, знатока своего дела. Отсюда же происходит и распространённое имя Усейн (вариант Хусейн), но для фамилии Усеев более вероятна связь именно с прозвищем по профессии.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе «Усей» или «Усе» добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность: «сын Усея». Этот суффикс характерен для фамилий, возникших в русско-тюркском пограничье, особенно в Поволжье и Приуралье, где татарские и башкирские имена адаптировались под русскую фамильную систему. Аналогично образованы фамилии Усманов, Усольцев, но Усеев стоит особняком — его основа короче и прозрачнее.

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди касимовских татар. В дореволюционных переписях носители Усеевых часто записаны как государственные крестьяне или мещане, что подтверждает их непривилегированное, но мастеровое происхождение. Встречаются и варианты написания — Усеев и Усеевъ, с твёрдым знаком на конце в старых документах.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с греческим именем Иосиф (через форму Осип), но это натяжка: в русской традиции от Осипа образовались Осипов и Осиев, а не Усеев. Тюркская версия остаётся основной и подтверждается как ареалом бытования, так и живым значением корня.