Фамилия Устратова — женская форма от Устратов, и её разумнее разбирать в мужском варианте. Основа здесь неочевидна, и это как раз тот случай, когда фамилия может хранить память о редком местном слове или прозвище.

Скорее всего, в основе лежит глагол «устроить» или «устраивать». В русских говорах слово «устрат» могло означать распорядителя, устроителя дел, человека, который налаживает порядок. В северных и сибирских диалектах встречалось слово «устрата» — потеря, убыток, но прозвище Устрат вряд ли дали бы человеку, который нес убытки: скорее, так могли назвать рачительного хозяина или, напротив, того, кто «устраивает» ссоры и беспорядок. Вторая версия — от имени Устрат, которое могло быть народной формой редкого канонического имени, но подтверждений этому почти нет.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий конца XVII–XIX веков: «чей?» — сын Устрата, то есть Устратов. Фамилия недворянская и не семинарская (там были бы суффиксы -ский или греко-латинские основы). Значит, предки Устратовых — скорее всего, крестьяне или посадские люди. Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных областях России и на Урале, что подтверждает её народное, а не книжное происхождение.

Интересная деталь: в документах XVIII–XIX веков фамилия могла писаться как Устротов — через «о» во втором слоге. Это не ошибка, а следствие «аканья»: в разговорной речи «устроить» звучало как «устраивать», но на письме путали корни. Такая вариативность — верный признак того, что фамилия сложилась в устной среде, а не в канцелярии.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Устроев, Устрялов — Устратова ближе всего к «устроительству» как роду занятий. Прозвище Устрат мог получить либо толковый распорядитель, либо, с иронией, человек, который вечно «устраивает дела» — хлопотун. Без дополнительных архивных записей по конкретной ветви точнее сказать трудно, но направление ясное: фамилия из крестьянской или мещанской среды, образованная от прозвища по действию или характеру.