Фамилия Усяков образована от прозвища или имени Усяк. В её основе лежит тюркское имя Усяк (или Усак), которое в переводе означает «маленький». Такие имена-пожелания давали детям, чтобы обмануть злых духов: считалось, что если назвать ребёнка «маленьким» или «незначительным», то он будет расти здоровым и крепким. Это одна из самых правдоподобных версий, и она подтверждается тем, что фамилия Усяков встречается в регионах, где исторически было сильное тюркское влияние — в Поволжье, Приуралье и на юге России.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от имён или прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Усяков буквально означает «сын Усяка», то есть потомок человека, которого звали Усяк. В русских говорах слово «усяк» могло также быть диалектным вариантом слова «ус» — так могли прозвать человека с заметными усами. Но эта версия менее вероятна, потому что фамилии от прозвищ по внешним признакам обычно образуются напрямую (Усов, Усачёв), а форма Усяков скорее указывает на имя, а не на черту внешности.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется в разных написаниях: Усяков, Усяковъ, реже Усаков. Это связано с тем, что в устной речи безударное «я» и «а» звучали одинаково, и писцы записывали на слух. Встречается и параллельная фамилия Усякин, образованная по другой модели (суффикс -ин), что тоже говорит о вариантности при адаптации тюркского имени в русской среде.

Социальный состав носителей фамилии был разнородным. В переписных книгах XVII–XVIII веков Усяковы встречаются среди крестьян и посадских людей, но есть и дворянские роды с этой фамилией, например, в Казанской и Симбирской губерниях. В XIX веке фамилия уже прочно вошла в русский ономастикон, и её носители могли быть кем угодно: от крестьянина до купца. Сегодня Усяковы живут по всей России, но заметная концентрация сохраняется в Татарстане, Башкортостане и Самарской области — там, где когда-то смешивались славянские и тюркские традиции имянаречения.