Фамилия Ваан происходит от аналогичного прозвища, которое, предположительно, образовано от слова vaane. В переводе с эстонского языка это слово означает «набожный». Вероятнее всего, основатель рода Ваан был верующим человеком, соблюдавшим религиозные каноны. Таким образом, это прозвище могло указывать на особенности характера человека. Однако нельзя исключить, что в основе этой фамилии лежит армянское имя Ваан, которое переводится как «щит». Поскольку в Эстонии издавна существует армянская община (примерно две тысячи человек), эта версия представляется правдоподобной.