Фамилия Вачаева чаще всего встречается на Северном Кавказе, особенно в Чечне и Ингушетии, что указывает на её вероятное происхождение из вайнахских языков. В чеченском языке основа «вача» означает «приходить» или «прибывать», а суффикс «-ев» (характерный для русских фамилий, адаптированных в регионе) указывает на принадлежность. Таким образом, Вачаева могла означать «пришлый» или «прибывший» — прозвище для человека, который переселился в новое место. Эта версия правдоподобнее, чем связь с топонимом Вача, хотя полностью исключать её нельзя.

В русской ономастике фамилия Вачаева образована от прозвища Вачай. Оно, в свою очередь, восходит, вероятно, к топониму Вача. Это название носят посёлок городского типа в Нижегородской области, населённый пункт в Карелии и река в Иркутской области. Скорее всего, Вачаем называли жителя одного из этих мест. Существует несколько версий толкования самого названия Вача. По одной из них, именование восходит к эрзянскому «вачо» — «голодный». Также название могло быть образовано от марийского «ваче» — «плечо», от удмуртского «воч» — «дикая утка» или хантского «вач, воч» — «город». В некоторых русских говорах вачем называют болотный аир — пахучее растение. В результате потомок человека с прозвищем Вачай со временем получил фамилию Вачаева.

Таким образом, у фамилии два возможных корня: северокавказский (вайнахский) и русский (топонимический). В первом случае значение связано с прибытием или переселением, во втором — с географическим названием или местным диалектным словом. Выбор версии зависит от региона, где жили предки носителя фамилии.