Фамилия Вафина образована от мужского имени Вафа, которое имеет арабские корни и означает «честность», «правдивость», «верность слову», «выдержанность» и «тактичность». Имя Вафа входит в число мусульманских личных имён, которые несут в себе пожелание нравственных качеств. Родители, называя сына Вафа, закладывали в имя надежду на то, что он вырастет достойным, обязательным и надёжным человеком.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Вафина — это типичная русская фамилия, оформленная суффиксом -ин. Такой суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Вафин», то есть сын или потомок человека по имени Вафа. Женская форма Вафина возникла как естественное грамматическое изменение мужской фамилии. Эта модель широко распространена в среде тюркских и мусульманских народов России, где личные имена восточного происхождения адаптировались к русской фамильной системе.

Географически фамилия Вафина встречается прежде всего в регионах с татарским и башкирским населением, а также среди других народов, исповедующих ислам, в Поволжье и на Урале. Это связано с тем, что имя Вафа было популярно именно в тюрко-мусульманской среде.

Процесс закрепления фамилий у разных сословий шёл неравномерно. У крестьян и горожан фамилии на -ин часто фиксировались лишь в XIX веке, поэтому точное место и время возникновения конкретного рода Вафиных можно установить только через генеалогические разыскания — по метрическим книгам, ревизским сказкам или переписям.

Стоит заметить, что фамилия Вафина не единственная в этом ряду. Однокоренные фамилии — Вафин (мужская форма), а также Вафов, Вафиев — образованы от того же имени, но с разными суффиксами. Вафина же — самая распространённая из них, что говорит о естественной адаптации арабского имени к русской фамильной норме через суффикс принадлежности.