Фамилия Ваилькова — редкий случай, когда написание вводит в заблуждение. На слух она почти неотличима от распространённой фамилии Вавилова, но пишется иначе: через «и» и с твёрдым знаком в корне. Эта особенность — не опечатка и не позднее искажение, а, скорее всего, следствие диалектного произношения или старой орфографии.

Корень фамилии — «ваильк-», который восходит к личному имени Вавила. Вавила — это просторечная, народная форма канонического имени Вавил (от названия древнего города Вавилон). В русских говорах имя Вавила часто произносили с твёрдым «в» и редуцированным гласным, что на письме могло передаваться как «Ваила» или «Ваилька». Суффикс «-к-» в основе (Ваилька) — это уменьшительно-ласкательный или обиходный вариант имени, характерный для крестьянской среды. Далее к этой основе добавился стандартный притяжательный суффикс «-ов-», указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Ваильков.

Таким образом, фамилия Ваилькова по модели образования — типичная русская «патронимическая» фамилия (от имени отца). Но её редкость объясняется тем, что имя Вавила само по себе было нечастым, а форма с «и» и твёрдым знаком закрепилась лишь в отдельных семьях. Скорее всего, предки носительницы фамилии жили в местности, где аканье (произношение «а» вместо «о») и твёрдый «в» в начале слова были нормой — например, в южнорусских или среднерусских говорах.

Встретить фамилию Ваилькова можно в старых метрических книгах центральных губерний России, особенно в Рязанской, Тамбовской или Воронежской областях. Дворянской эта фамилия никогда не была — она однозначно крестьянская или мещанская. В современном мире носителей фамилии крайне мало, и она остаётся одним из тех ономастических «реликтов», которые сохранили живую народную речь XVIII–XIX веков.