Фамилия Васильков — одна из тех, где на первый взгляд всё очевидно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько разных путей происхождения. Самый прямой и лежащий на поверхности — от прозвища Василёк, данного по названию травянистого растения с яркими голубыми или синими цветками, которое мы привыкли видеть во ржи. В дохристианской традиции имя-прозвище от растения было распространённым способом «связать» ребёнка с природой: считалось, что так к нему перейдут полезные качества избранного представителя растительного мира. Василёк — цветок примечательный: найденный в древнеегипетском саркофаге венок из васильков высох, но сохранил цвет и форму, что говорит о необычайной стойкости окраски. Эта особенность могла лечь в основу прозвища человека, чья профессия была связана с красильным делом — васильковый пигмент почти не выцветает на солнце. Другая версия отталкивается от внешнего вида цветка: среди 700 видов васильков есть и яркие, и блёклые, но в народном сознании василёк часто ассоциировался с чем-то непостоянным, ветреным — так могли назвать молодца, который «порхает» от одной девушки к другой.

Однако у фамилии есть и вторая, не менее весомая гипотеза. Васильков мог образоваться не от названия растения, а от уменьшительной формы крестильного имени Василий. Имя Василий (от греческого «басилевс» — царский, царственный) было одним из самых частых на Руси, и его народные варианты — Василь, Василёк, Василько — давали огромное количество производных фамилий. Фамилии на -ов, образованные от таких форм, типичны для центральной России: Васильков в этом ряду стоит рядом с Васильевым, Васильковым, Васильчиковым. Различить, от растения или от имени пошла конкретная фамилия, без родословной практически невозможно — оба варианта правдоподобны и сосуществовали в народе.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель принадлежности: «чей?» — Васильков, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Василёк. Географически фамилия встречается повсеместно, но заметно чаще в областях, где выращивали рожь и где василёк как сорняк был на слуху — в Черноземье, Поволжье, на юге России. Среди однокоренных фамилий — Васильковский (с польским или украинским оттенком), Васильковцев (с указанием на место жительства), а также редкая форма Васильковых, характерная для северных говоров. Таким образом, Васильков — фамилия с двойным дном: она одинаково хорошо могла возникнуть и в крестьянской среде, где ценили связь с природой, и в среде, где просто сократили распространённое церковное имя до домашнего прозвища.