Фамилия Василькина образована от имени или прозвища Василька. Чаще всего в её основе лежит производная форма крестильного имени Василий, которое в переводе с греческого «basileos» означает «царский, царственный». Модель образования простая и типичная для русских фамилий: к основе на -а прибавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность кому-то: Василька → Василькин, а затем и женский вариант Василькина.

Но есть и другая версия, не менее правдоподобная. Прозвище Василька могли дать по названию растения — василька. До христианства на Руси было принято нарекать детей именами-оберегами от растений. Считалось, что природа воспримет ребёнка как своего и передаст ему полезные качества, которыми наделён цветок. Василёк издавна ценился как один из лучших цветов для венков, а его синие соцветия, растущие во ржи, были хорошо знакомы каждому крестьянину. В этом случае прозвище могло нести и профессиональный оттенок: Василькой могли прозвать человека, который плел венки, торговал цветами или жил у василькового поля.

Фамилия Василькина — женская форма, но её носительница могла быть потомком как Васильки-сына Василия, так и человека с «растительным» прозвищем. Обе гипотезы имеют право на существование, и выбрать одну без дополнительных генеалогических данных сложно.