Фамилия Вахлышев образована от прозвища Вахлыш. Самое правдоподобное объяснение этого прозвища ведёт к диалектному слову «вахля» или «вахлыш» — так в некоторых русских говорах называли вялого, медлительного или нерасторопного человека. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «вахлять» — делать кое-как, небрежно, а также существительное «вахляк» — мешковатый, неуклюжий человек. Прозвище Вахлыш, скорее всего, дали человеку с такими чертами характера или манерой работы.

Модель образования фамилии простая: к основе прозвища Вахлыш добавился типичный русский суффикс принадлежности -ев. Это значит, что Вахлышев буквально — «сын Вахлыша» или «человек из семьи Вахлыша». Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (ш). Такие фамилии массово оформлялись у крестьян и горожан в XVI–XIX веках, когда фамилии становились обязательными.

Встречается иная, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «вахлы» — что-то вроде «бедный» или «нищий». Но она не подкреплена ареалом фамилии. Вахлышевы — это русская фамилия, распространённая в Поволжье и центральных областях России, особенно в Пензенской, Нижегородской и Ульяновской областях. Там же фиксируются и однокоренные фамилии: Вахлин, Вахлюев, Вахляев.

Обратите внимание на редкий суффикс -ыш в основе. Это уменьшительно-уничижительная форма, типичная для прозвищ, но нечастая в фамилиях. Сравните с фамилиями Малышев (от «малыш») или Голышев (от «голыш»), которые построены по той же модели. Вахлышев стоит в этом ряду, но его основа гораздо реже встречается в письменных источниках. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась за предком, работавшим, возможно, неспешно, но основательно, или наоборот — получившим прозвище в насмешку.