Фамилия Вахтомов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Вахтомов послужило церковное имя Варфоломей. Имя Вахтом является диалектной формой крестильного имени Варфоломей. В переводе с греческого языка оно означает «сын вспаханной земли», «сын полей». Это имя имело множество производных форм: например, Варфоломей, Вахромей, Ахромей, Вахруша, Бахруша. У европейских народов оно приняло форму Бартоломе. Имя Вахтом образовалось в результате ряда модификаций имени Варфоломей: Варфоломей – Вахромей – Вахтомей – Вахтом. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Вахтом, со временем получил фамилию Вахтомов. О точном месте и времени возникновения фамилии Вахтомов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Вахтомов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.