Имя Вахтом является диалектной формой крестильного имени Варфоломей. В переводе с греческого языка оно означает «сын вспаханной земли», «сын полей». Это имя имело множество производных форм: например, Варфоломей, Вахромей, Ахромей, Вахруша, Бахруша. У европейских народов оно приняло форму Бартоломе. Имя Вахтом образовалось в результате ряда модификаций имени Варфоломей: Варфоломей – Вахромей – Вахтомей – Вахтом. Скорее всего, основатель рода Вахтомовых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Вахтом, со временем получил фамилию Вахтомов.