Фамилия Вахтомина — женская форма от фамилии Вахтомин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе лежит каноническое имя Вахтомий, которое в русской традиции приобрело народную форму Вахтома. Это имя греческого происхождения, восходящее к слову «баптизма» (крещение), но в быту оно обросло местными вариантами. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вахтомин — «сын Вахтомы», то есть потомок человека с таким именем или прозвищем.

Особенность фамилии — её редкость и чёткая региональная привязка. Вахтомины исторически встречаются в северных и центральных губерниях России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Это не случайно: имя Вахтомий было популярно именно среди крестьян Русского Севера, где церковные имена часто переделывали на свой лад, сокращая до простых и звучных форм. Документы XVI–XVII веков фиксируют крестьян Вахтоминых в вологодских погостах, что подтверждает: предки носителей фамилии были, скорее всего, свободными землепашцами или ремесленниками, а не дворянами.

Словообразовательная модель здесь проста, но характерна: основа Вахтом- (от Вахтомий) плюс типичный для русских фамилий суффикс -ин. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от названий профессий или прозвищ, -ин закреплялся за личными именами и указывал на прямое родство. Поэтому Вахтомин — один из тех случаев, когда фамилия сохранила память о конкретном человеке, а не о его занятии.

Встречается и вариант Вахтомина с ударением на второй слог (Вахто́мина), что типично для говоров, где имя Вахтома произносили с ударением на «о». В некоторых переписях XIX века фамилию записывали как Вахтомины, с окончанием множественного числа, подчёркивая родовую общность.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её ошибочно связывают с финно-угорскими корнями из-за созвучия с коми-зырянскими словами, но это маловероятно: имя Вахтомий — греческое, и его адаптация в русской среде не вызывает сомнений. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Вахтомов, Вахтомеев — встречаются ещё реже и, скорее всего, восходят к тому же источнику.

Для человека с фамилией Вахтомина это означает, что его предки жили на севере России, носили имя, которое в XX веке почти вышло из обихода, и принадлежали к крестьянскому сословию. Никаких громких титулов или знатных родов за этой фамилией не числится — только повседневная жизнь в деревнях, где имя Вахтома было своим, родным.