Фамилия Вакий, как и многие русские фамилии, образовалась от имени собственного. В её основе лежит просторечная форма одного из трёх латинских имён: Валентин, Валериан или Валерий. Все они восходят к общему корню valere, что означает «быть сильным, здоровым». Таким образом, в буквальном смысле фамилия могла означать «принадлежащий сильному человеку» или просто «сын Вакия».

Модель образования здесь необычна: фамилия застыла в форме самого имени (Вакий), а не в привычной притяжательной форме на -ов или -ин. В русской ономастике такие «бессуффиксные» фамилии встречаются реже, чем, скажем, Петров или Иванов, и часто указывают на то, что предок был человеком простого звания — крестьянином или ремесленником, чью фамилию записали прямо по имени, без дополнительного оформления. В дворянской среде подобная модель практически не встречалась.

Точное место и время возникновения фамилии Вакий установить сложно. Процесс закрепления фамилий на Руси растянулся на несколько столетий, и такие записи по имени могли возникнуть в разных регионах независимо друг от друга. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Валентинов, Валерьев), то форма Вакий — более редкая и архаичная, что делает её интересным памятником живой народной речи, где длинные церковные имена сокращали и адаптировали на свой лад.