Фамилия Вакуненков — наглядный пример того, как суффикс меняет не только звучание, но и социальный фон фамилии. В её основе лежит имя или прозвище Вакун, которое само по себе является производной формой от крестильного имени Варлаам (в просторечии Варлам) или, реже, от Вакх. В обоих случаях перед нами уменьшительно-ласкательный вариант, характерный для северных и центральных говоров: суффикс -ун- (-юн-) придавал имени оттенок ласковости или, напротив, ироничной простонародности — ср. Варлам → Варун → Вакун.

Главная особенность — нестандартный суффикс -енков. В русской фамильной модели он встречается реже, чем привычные -ов/-ев и -ин, и указывает на западнорусское или белорусское происхождение. В то время как на востоке и в центре России от имени Вакун образовали бы фамилию Вакунов (с суффиксом -ов), носители -енков тяготеют к территории, где исторически смешивались русские и белорусские ономастические традиции — например, Смоленщина, Брянщина, Псковщина. Суффикс -енков здесь выполняет роль патронимического показателя, буквально «сын Вакуна», но с местным диалектным оттенком.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и от прозвища Вакун, не связанного с именем. В некоторых говорах «вакун» — это тот, кто вакает, то есть мычит, ревёт или подражает животным, либо, по другой версии, болтун, пустослов. Однако такая версия менее вероятна: прозвища на -ун обычно становились основой для фамилий с суффиксом -ов (Вакунов), а форма на -енков выдает именно патроним, то есть «чей сын», а не «какой по характеру».

Таким образом, предок носителя фамилии Вакуненков, скорее всего, был человеком по имени Вакун — уроженцем западных русских земель, где в XVI–XVII веках складывалась особая модель фамилий с суффиксом -енков. Фамилия не относится к числу дворянских или купеческих, а типична для крестьянского и мещанского сословия, что подтверждается её редкой встречаемостью в дореволюционных родословных книгах.