Фамилия Вакуленков построена по модели «основа + суффикс -ов», что указывает на принадлежность к русской патронимической традиции: так называли потомка человека по имени или прозвищу Вакула. Суффикс -енк- в основе — характерный украинский или южнорусский уменьшительный формант, поэтому Вакуленков — это русифицированный вариант фамилии, изначально звучавшей как Вакуленко. Переезд носителя такой фамилии в великорусские губернии и добавление -ов к уже готовой форме — обычная практика XVII–XIX веков.

Самая вероятная основа — имя Вакула, народная форма крестильного имени Вукол. Имя Вукол греческого происхождения, означает «пастух». Его носил святой Вукол Смирнский, ученик апостола Иоанна Богослова, память которого приходится на 6 февраля. В русском быту имя Вукол почти не прижилось в полной форме, зато его уменьшительный вариант Вакула стал вполне употребительным, особенно в южных и западных областях.

Есть и вторая версия, основанная на звуковом сходстве: прозвище Вакула могли дать говорливому человеку от диалектного глагола «бакулить» (говорить, болтать). Переход начального «б» в «в» в говорах встречается, но эта гипотеза менее убедительна: имя Вакула как производное от Вукола фиксируется в святцах и документах, а прозвищная версия опирается только на случайное совпадение. Поэтому основным источником фамилии Вакуленков следует считать именно крестильное имя.

Таким образом, Вакуленков — потомок Вакулы, а сам Вакула в большинстве случаев — это «пастух» по церковному имени. Фамилия сравнительно редкая, её географическое ядро — южнорусские области и Украина, откуда она позже распространилась на север и восток.