Фамилия Валишанов образована от имени Валишан, диалектного варианта мужского тюркского имени Валихан. Первая из них восходит к имени Вали, которое в переводе с арабского означает «владелец, хозяин, господин; защитник», «святой», «близкий друг Аллаха», «друг благородных властителей и добрых людей». Таким образом, потомок человека, которого звали Валишан, со временем получил фамилию Валишанов.