Фамилия Ванегина — женская форма фамилии Ванегин. В основе лежит мужское имя или прозвище Ванега. Самое вероятное объяснение: это диалектный вариант имени Иван, распространённый в северных и сибирских говорах. В русских диалектах «ваня» или «ванька» — не только уменьшительное от Иван, но и самостоятельное прозвище для простоватого, нерасторопного человека. Суффикс -ег- в основе встречается редко: он характерен для севернорусских фамилий, особенно из Архангельской, Вологодской и Вятской губерний. По этой модели образованы, например, фамилии Конегин (от Конь) или Шулегин (от шульга — левша). Таким образом, Ванегин — буквально «сын Ванеги», то есть потомок человека по прозвищу Ванега.

Вторая версия, менее правдоподобная, — связь с финно-угорскими корнями. На севере России, где русские соседствовали с карелами и коми, слово «ванега» могло означать что-то вроде «маленький» или «младший» (ср. карельское vähä — мало). Но эта гипотеза не имеет надёжных подтверждений в ономастических словарях. Борис Унбегаун в «Русских фамилиях» не упоминает фамилию Ванегин, но её модель (основа на -ег- + -ин) он относит к древнейшему пласту русских фамилий, возникших в крестьянской среде задолго до официального закрепления фамилий в XIX веке.

Географически фамилия Ванегин (и Ванегина) тяготеет к Кировской области и Пермскому краю. Встречается также в Удмуртии и Татарстане, что связано с переселением русских крестьян в Приуралье в XVII–XVIII веках. Никакого отношения к дворянству или известным историческим родам фамилия не имеет — это типичная крестьянская фамилия, возникшая из уличного прозвища.

В написании путаница почти исключена: фамилия пишется через «а» в первом слоге и с суффиксом -егин-, а не -ягин- или -игин-. Встречающийся изредка вариант «Вонегин» — результат акающего произношения в тех же северных говорах.