Фамилия Ванецян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по модели «имя + суффикс принадлежности». Ключевой элемент здесь — суффикс -ян (в ранних формах -янц), который в армянском языке выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или грузинские -дзе/-швили: он указывает на происхождение, буквально означая «из рода такого-то» или «из семьи таких-то». Таким образом, Ванецян — это «потомок Ванеца».

Основа фамилии — мужское имя Ванец (или его вариант Ванес). Вокруг его происхождения есть две основные версии. Первая, более редкая, возводит имя к армянскому слову со значением «огненный». Вторая, более распространённая и лингвистически обоснованная, считает Ванец армянским аналогом имени Иоанн (древнееврейского происхождения, означающего «милость Божья»). В этом случае фамилия Ванецян оказывается в одном ряду с русскими Ивановыми, грузинскими Иванишвили и европейскими Джонсонами — все они восходят к одному библейскому имени.

Имя Иоанн в христианской традиции необычайно популярно. Его носили Иоанн Креститель (Предтеча) — пророк, предсказавший пришествие Мессии, и апостол Иоанн Богослов, автор одного из Евангелий и Апокалипсиса. Поэтому для носителей фамилии Ванецян, особенно если они придерживаются второй версии, эти святые являются небесными покровителями.

Сама модель на -ян (и её более старая форма -янц) указывает, что фамилия окончательно закрепилась в период формирования армянских фамилий — примерно в XVII–XIX веках. Первоначальное значение «из рода Ванец» со временем превратилось в наследственное родовое имя, которое сегодня уже не связывают напрямую с личным именем предка.