Фамилия Ванганен — редкий для России случай, когда финское происхождение не вызывает сомнений. Она образована по стандартной для финского языка модели: основа + суффикс -нен, который в переводе означает «из», «с» или указывает на принадлежность к месту, роду. В данном случае корень «Ванга» (Vanka) — это либо прозвище, либо искажённое имя собственное. Скорее всего, в основе лежит финское слово «vanki» — «узник», «пленник», или же диалектное «vanka» — «старый», «ветхий». Таким образом, Ванганен — это «человек из рода старого» или «потомок узника».

Географически фамилия тяготеет к территориям, где исторически жили финны-ингерманландцы: Карельский перешеек, окрестности Санкт-Петербурга, юг Финляндии. В России она закрепилась в основном среди потомков переселенцев XVIII–XIX веков, которых привлекали на работы в столицу или в поместья. В отличие от многих русских фамилий, Ванганен не имеет суффиксов -ов или -ин, что сразу выдаёт её нерусское происхождение и указывает на то, что носители долго сохраняли свою языковую среду.

Встречаются варианты написания с одной «н» — Ванаген, что может быть следствием ошибок в документах при русификации. В самой Финляндии фамилия Vankainen более распространена, а Ванганен — её более редкая форма, характерная для восточных диалектов. Социальный статус первых носителей был, вероятнее всего, крестьянским: в XIX веке финны-ингерманландцы часто работали арендаторами, батраками или мелкими ремесленниками. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из народной среды, где прозвища давали по внешности или обстоятельствам жизни.

Споров о происхождении немного: версия с «узником» (vanki) выглядит логичнее, чем гипотеза о связи с русским именем Ваня (от Иван), так как фонетика финского языка не предполагает прямого заимствования уменьшительных форм без переосмысления. Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище за необычный облик (старый, дряхлый) или за то, что побывал в плену, и это закрепилось как родовое имя.