Фамилия Ванюшечкин — редкий пример того, как уменьшительно-ласкательная форма имени превратилась в полную фамилию, сохранив свою теплоту. В её основе лежит имя Ванюшечка, которое является не просто вариантом, а самой нежной производной от имени Иван.

Иван, в свою очередь, восходит к каноническому церковному имени Иоанн. В переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья» — значение, которое закрепилось за всеми фамилиями этого корня. Но если фамилии Иванов или Ванин встречаются на каждом шагу, то Ванюшечкин встречается значительно реже. Причина — в суффиксе: -ечк- в имени Ванюшечка придаёт ему ярко выраженный ласкательный оттенок (как в словах «чашечка», «книжечка»), а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ванюшечкин, то есть сын, потомок Ванюшечки.

Модель образования здесь та же, что и у фамилий Тимошечкин, Алёшечкин, Серёжечкин. Все они строились по одному принципу: от уменьшительной формы имени (часто домашней, внутрисемейной) через притяжательное прилагательное. Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, в быту звался именно Ванюшечкой — и это прозвище закрепилось за его детьми как родовое имя.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где формы на -ечка были особенно распространены в народной речи. В официальных документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались реже, чем простые отчества, поэтому Ванюшечкин — скорее «кабинетная», книжная запись крестьянской или мещанской фамилии, которую могли оформить при переписи или в церковной метрике.