Фамилия Вардикян — яркий пример армянской модели фамилообразования. Её основа — личное имя Вардик, уменьшительная форма от имени Вардан. Имя Вардан, в свою очередь, восходит к древнеиранскому Vard- («роза») или к парфянскому vard- («дар»), хотя есть и версия о связи с армянским словом «вард» (роза). Суффикс -ян (в русской передаче часто -ян, реже -янц) — самый распространённый патронимический суффикс в армянском языке, означающий «принадлежащий роду такого-то» или «потомок». Таким образом, Вардикян буквально значит «из рода Вардика» или «потомок Вардика».

Интересная деталь — форма с суффиксом -ик (Вардик) указывает на ласкательное, домашнее прозвание. В армянской традиции такие уменьшительные имена нередко становились самостоятельными основами для фамилий, особенно в семьях, где имя Вардан было родовым. Вардикян — не самая частая фамилия даже в Армении, что говорит о её относительно локальном происхождении: скорее всего, она закрепилась за одним конкретным родом в определённой области исторической Армении — возможно, в Васпуракане или Сюнике, где имя Вардан было особенно популярно.

В русском языке фамилия сохранила исходное ударение — на последнем слоге: Вардикя́н. Встречаются варианты написания через «ц» (Вардикянц) — это более старая, западноармянская передача того же суффикса, характерная для диаспоры. Носители фамилии, как правило, потомки ремесленников или крестьян, поскольку в армянской среде фамилии на -ян (в отличие от княжеских -уни) не указывали на знатное происхождение.