Фамилия Варфлусев — редкий пример того, как украинская народная переделка церковного имени закрепилась в русской фамильной модели. В её основе лежит имя Варфлусь — просторечная, «облегчённая» форма канонического имени Варфоломей.

Само имя Варфоломей восходит к арамейскому Бар-Телеми (Бар-Толмай) и означает «сын вспаханной земли» или «сын полей». В христианской традиции это имя носил один из двенадцати апостолов, память которого отмечается 24 июня, 13 июля и 7 сентября. Однако в быту длинное и непривычное для славянского уха имя сократили и переделали: на украинских землях оно превратилось в Варфлусь — так же, как, например, Варфоломей в некоторых говорах становился Варфоломеем или просто Варфоломом.

Фамилия Варфлусев образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — Варфлус- (от Варфлусь). Суффикс -ев указывает на принадлежность: «Варфлусев» буквально значит «сын Варфлуся» или «потомок Варфлуся». Такая модель типична для фамилий, которые фиксировались в документах уже после того, как имя-прозвище вышло из активного употребления.

Географически фамилия, скорее всего, зародилась в южнорусских или украинских губерниях — там, где имя Варфоломей бытовало в форме Варфлусь. В центральной и северной России чаще встречаются варианты Варфоломеев или Варфоломеевский. Таким образом, Варфлусев — это не просто вариант, а маркер определённой диалектной и культурной среды.

В отличие от многих фамилий на -ев, образованных от прозвищ или названий профессий, Варфлусев — чисто патронимическая фамилия: она не говорит о роде занятий предка, а лишь называет его по имени. Владелец такого имени мог быть крестьянином, мещанином или казаком — сословная принадлежность здесь не закодирована.