Фамилия Варфлусев — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в виде фамилии. В её основе лежит украинский просторечный вариант имени Варфоломей — Варфлусь. Само имя Варфоломей восходит к арамейскому «Бар-Телеми», что значит «сын вспаханной земли» или «сын полей». Покровителем этого имени считается апостол Варфоломей, дни памяти которого приходятся на 24 июня, 13 июля и 7 сентября.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Варфлус- добавлен суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Варфлусев, то есть сын или потомок Варфлуся). Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного, что типично для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -ь.

Интересно, что в официальных церковных записях имя Варфоломей сохраняло полную форму, а в быту на юге России и Украине его сокращали до Варфлусь, Варфоломка или Варфоломейко. Фамилия Варфлусев — один из немногих следов именно такого, разговорного варианта. О точном месте и времени её возникновения говорить сложно: процесс формирования фамилий растянулся на несколько столетий, и подобные «народные» формы могли закрепиться в разных регионах независимо друг от друга. Тем не менее, фамилия Варфлусев — замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший живую народную речь в фамильном имени.