Фамилия Варгуткин — один из тех случаев, когда внешняя экзотичность скрывает довольно прозрачную, хоть и редкую, словообразовательную модель. Вопреки возможному впечатлению, корень здесь не иноязычный, а исконно русский, хотя и вышедший из активного употребления.

В основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Варгутка. Это уменьшительная форма от слова «варга́н» — старинного названия музыкального инструмента, разновидности губной гармоники. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «варганом» называли также болтливого, шумного человека или того, кто постоянно «варганит» — то есть издаёт резкие, дребезжащие звуки, бренчит, ворчит. Таким образом, Варгуткой могли прозвать либо музыканта-варганщика, либо просто говорливого и беспокойного человека.

Суффикс -утк- в данном случае — нестандартный. Обычно фамилии образуются через суффикс -ин от основ на -а/-я (Варгутка → Варгуткин). Однако здесь интересна сама промежуточная форма: суффикс -утк- характерен для ласкательно-уничижительных имён в староновгородской и псковской традиции (ср. Ванютка, Мишутка). Это указывает на возможное северо-западное происхождение фамилии или связь с новгородскими переселенцами. Варгуткин буквально означает «сын Варгутки», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — центральные и южные регионы России (Воронежская, Курская, Ростовская области), что косвенно подтверждает миграцию носителей из северных земель. Вариант написания с буквой «о» — Воргуткин — встречается ещё реже и, скорее всего, является диалектным акающим произношением, закреплённым на письме.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Варганов, Варгашин, Варгунин) показывает, что Варгуткин стоит особняком: если Варганов прямо указывает на инструмент или мастера, то Варгуткин — на конкретного человека с уменьшительно-бытовым именем. Это не ремесленная фамилия, а прозвищная, что типично для крестьянской среды допетровской Руси, где официальных фамилий ещё не было, а человека в документах записывали по отцу или по уличному прозвищу.