Фамилия Варнакина — женская форма фамилии Варнакин, а та образована от прозвища Варнак. Слово «варнак» в русских говорах, особенно сибирских и уральских, имело резко отрицательный смысл: так называли беглого каторжника, ссыльного поселенца, бродягу, а в переносном значении — озорника, отчаянного человека. В словаре Владимира Даля «варнак» определяется именно как «беглый каторжник» и «негодяй». Связь с каторгой и ссылкой в Сибирь — ключевая для этой фамилии.

Прозвище Варнак, скорее всего, не давали просто так: его мог получить человек, чья семья была связана с ссылкой, либо тот, кто сам побывал в бегах, либо человек с крутым, «варнацким» нравом. В некоторых говорах слово приобрело более бытовой оттенок — «пройдоха», «плут», но криминальный подтекст оставался. Интересно, что фамилия Варнакин — нередкая в Сибири и Зауралье, что прямо подтверждает её географическую привязку к местам каторги и ссылки.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Варнакин — сын Варнака. Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а, -я. Менее вероятна, но возможна связь с крестильным именем Варнава (от арамейского «сын утешения»), где Варнак могло быть просторечной сокращённой формой. Однако против этого говорит устойчивое отрицательное значение слова «варнак» в народной среде: вряд ли прозвище от имени превратили бы в бранное. Версия с каторжником выглядит гораздо убедительнее и подкрепляется диалектными словарями.

Сословного барьера у фамилии не было: Варнакиными могли быть и крестьяне, и мещане, и даже казаки — прозвище фиксировало личную характеристику, а не социальный статус. Встречается фамилия и в центральных губерниях, но там её могли занести ссыльные или переселенцы. В современном мире носительницы фамилии Варнакина могут не знать о её суровом корне, но исторически она звучала как указание на непростой, «варнацкий» характер предка.