Фамилия Варнакова образована от прозвища Варнак. Так называли каторжных в Сибири, бежавших из тюрьмы или с места поселения. Впоследствии «варнаками» стали нарекать всех сибирских бродяг. Существительное «варнак» произошло от глагола «варнакать» - «болтать». Поэтому можно предположить, что Варнаком называли также разговорчивого человека. Не исключено, что прозвище Варнак восходит к нарицательному «вар» - «кипяток». Глагол «варначить» имеет значение «кипеть». Это даёт основание полагать, что Варнаком могли прозвать человека за его эмоциональность и вспыльчивость. Согласно ещё одной гипотезе, фамилия Варнакова ведёт своё начало от названия болгарского города Варна, который был основан в VI в. как греческая колония. Город Варна также является крупным портом. Поэтому, основатель фамилии Варнакова мог быть уроженцем этого города или жил там в силу своей профессиональной деятельности. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Варнак, со временем получил фамилию Варнакова.