Фамилия Варнаков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Варнак восходит к диалектному глаголу «варнакать» или «варначить», который означает «привирать, болтать пустое», а также «шуметь, браниться, спорить». Следовательно, Варнаком могли прозвать человека, склонного к фантазированию, или же спорщика. Однако в Сибири варнаком называли каторжника, а в пермском диалекте варнак — это бродяга. Таким образом, прозвище Варнак могло указывать и на социальный статус предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Варнак, со временем получил фамилию Варнаков. О точном месте и времени возникновения фамилии Варнаков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Варнаков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.