Фамилия Варнакин образована от крестильного имени Варнава. В основе — его разговорная, народная форма Варнака. Имя Варнава (от арамейского «сын утешения») было в святцах, но в быту звучало тяжеловато, поэтому в крестьянской и мещанской среде его часто укорачивали, добавляя уменьшительные суффиксы. Так Варнава превращался в Варнака, а от него по стандартной модели русского языка появилась фамилия Варнакин: Варнака + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Варнаки).

Стоит обратить внимание на суффикс -ак. В именах и прозвищах он нередко придавал оттенок просторечия или указывал на человека с яркой, заметной чертой. Варнака могло быть не только производным от Варнавы, но и самостоятельным прозвищем, например, для человека сурового или нелюдимого — в некоторых говорах «варнак» означало «бродяга», «каторжник». Толкование двойное, но лингвистически надёжнее первое: фамилия Варнакин восходит к церковному имени через обиходную форму. Подтверждение этому — обилие однокоренных фамилий: Варнавский, Варнавин, Варнаков, Варнавцев. Все они растут из одного корня, но разными суффиксами.

Фамилия довольно редкая. Её география тяготеет к центральным и северным областям России, где имя Варнава было более употребительно. Встречается и на Урале, куда фамилию могли занести переселенцы. В дворянских родословных книгах Варнакины не значатся — фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. В XIX веке её носители могли быть государственными крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что типично для фамилий, образованных от редких имён и не попавших в высшие сословия.