Основой фамилии Варнавин послужило мужское имя Варнава. В основе фамилии Варнавин, вероятно, лежит мужское имя Варнава. В переводе с арамейского оно означает «сын пророка». По другой версии, данная фамилия ведет свое начало от прозвища Варнава, которое происходит от украинского глагола "варнякати" - "плести что-то несущественное, пустое; болтать, балясничать"; "говорить невыразительно, непонятно". Соответственно, прозвище могло указывать на особенности речи предка. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Варнава связано с существительным "варнак" - "каторжник". Таким образом, потомок человека, обладающего именем Варнава, со временем получил фамилию Варнавин.