Фамилия Варнавина — женская форма фамилии Варнавин, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем Варнава. В основе лежит каноническое христианское имя, которое носил один из апостолов от семидесяти, спутник апостола Павла. Имя Варнава имеет арамейские корни и переводится как «сын утешения» или «сын пророчества». В святцах имя встречается нечасто, но в русской традиции оно получило некоторое распространение, особенно в среде духовенства и крестьянства северных губерний.

Модель образования фамилии типична для русского ономастикона: к основе имени Варнава добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Варнавы» или «из семьи Варнавы». Таким образом, Варнавин — это отчество в чистом виде, которое со временем закрепилось как фамилия. Женская форма Варнавина означает «дочь (или жена) Варнавина».

Интересно, что имя Варнава в народной среде часто упрощалось и видоизменялось. В говорах можно встретить формы Варнак, Варнатка, Варнуха. Эти производные тоже могли дать начало однокоренным фамилиям, но Варнавин — наиболее прямая и «книжная» форма, сохранившая полное звучание имени. Стоит отличать Варнавину от фамилии Варнаков, которая происходит не от имени, а от прозвища «варнак» (каторжник, бродяга) — здесь совсем другая семантика.

Географически фамилия Варнавин (и Варнавина) чаще всего встречается в регионах Русского Севера — Архангельской, Вологодской областях, а также в Поволжье. Это связано с тем, что в этих краях имя Варнава почиталось особенно: например, в Костромской губернии есть город Варнавин, названный в честь святого Варнавы Ветлужского. Возможно, предки носителей фамилии были выходцами из тех мест или имели отношение к церковному приходу, посвященному этому святому.

В дореволюционной России носители фамилии Варнавин могли быть как крестьянами, так и священнослужителями. Имя Варнава часто давали при постриге в монахи, поэтому среди монашествующих оно было распространено шире, чем среди мирян. Однако в качестве мирского имени оно тоже бытовало, хоть и не было массовым. Соответственно, фамилия осталась относительно редкой, что делает её носителей носителями довольно специфического антропонимического наследия.