Фамилия Варначкин — редкий случай, когда исходное имя почти полностью вытеснено уменьшительной формой, а сама основа вызывает споры. В русских фамилиях на -ин суффикс указывает на принадлежность: Варначкин — это «чей?» — сын или потомок Варначки. А Варначка, в свою очередь, уменьшительное от канонического крестильного имени Варнава.

Варнава — имя древнееврейского происхождения, означающее «сын утешения» или «сын пророчества». В христианской традиции это апостол от семидесяти, спутник Павла. Имя было в святцах, но в народной среде прижилось не слишком широко — отсюда и редкость фамилии. От полного Варнава образовались Варнавин, Варнавский, а вот Варначкин — цепочка с двойным уменьшением: сначала Варнава превратился в Варначку (по той же модели, что Савва — Савка, Фома — Фомка), а потом уже от этого прозвища пошла фамилия.

Есть, однако, и другая версия, которую поддерживают некоторые исследователи русских фамилий. В южнорусских и украинских говорах «варнак» — это бродяга, беглый каторжник (слово тюркского происхождения, родственное «вор»). В таком случае Варначка — не уменьшительное от Варнавы, а прозвище человека беспокойного, склонного к скитаниям. Суффикс -к- здесь не ласкательный, а скорее пренебрежительный, как в фамилиях Варнаков, Варнавин (от той же основы). Фамилия Варначкин могла возникнуть и на стыке этих двух линий: если человека звали Варнавой, но в быту дразнили Варначкой, играя на созвучии с «варнаком».

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, встречается в старых переписях Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерний. В дворянских родословных книгах она не фигурирует — скорее всего, носители были крестьянами или мещанами. Варначкин — фамилия, которая звучит как загадка: имя ли это святого, перекроенное на деревенский лад, или меткое прозвище человека, который не сидел на месте. Скорее всего, в разных родах ответ был разным.