Фамилия Варначева — женская форма, а мужская — Варначев. Она образована по самой частотной в русском языке модели: к основе прозвища или имени добавили притяжательный суффикс -ев (после шипящего и ц пишется -ев, а не -ов). В основе лежит слово «варнак» или «варнач».

Вот тут и начинается самое интересное. В русских говорах, особенно сибирских и уральских, «варнаком» называли беглого каторжника, бродягу или вообще отчаянного, беспокойного человека. Слово пришло, скорее всего, из тюркских языков (ср. татарское «варнак» — «шалун, проказник»), но в русском языке прочно закрепилось именно за уголовным и ссыльным миром. В Сибири «варнак» — почти термин, и фамилии Варначев часто встречаются именно в бывших каторжных регионах: в Забайкалье, на Алтае, в Томской и Иркутской областях.

Вероятно, первый носитель прозвища Варнак вовсе не обязательно был преступником. Прозвище могли дать за буйный нрав, за склонность к скитаниям или даже в насмешку — как «лихого» человека, с которым лучше не связываться. В ономастике известен и другой вариант: от канонического имени Варнава (в просторечии Варнаха, Варначка), но тогда фамилия звучала бы как Варнавин или Варнахов. Форма Варначев прямо указывает на «варнака», а не на святого.

Таким образом, фамилия Варначева — не дворянская и не «географическая» (по названию местности). Это яркий пример прозвищной фамилии, которая рассказывает о характере или судьбе предка. В отличие от множества фамилий на -ов, образованных от крестильных имён, здесь за словом стоит живая, часто нелегкая история сибирского быта, каторги и вольницы.