Фамилия Варначев (и её вариант Варначёв) происходит от прозвища, а не от крестильного имени, что сразу указывает на характер или судьбу её первого носителя. В основе лежит слово «варнак» или «варнач». В Сибири и на Урале, особенно в пермских говорах, варнаком называли беглого каторжника или бродягу. Это одно из самых ярких значений: фамилия могла закрепиться за потомком ссыльного или человека, который вёл скитальческий образ жизни.

Однако прозвище могло иметь и более безобидную природу. Глагол «варнакать» означает болтать, врать, пустословить, а также шуметь и спорить. Значит, Варначом могли прозвать говорливого человека, любителя приврать или, наоборот, сварливого спорщика. Есть и версия, связывающая основу с глаголом «варначить» в значении «кипеть»: так могли назвать эмоционального, вспыльчивого человека — по аналогии с кипятком («вар»).

Топонимическая гипотеза выводит фамилию от названия болгарского города Варна. По этой версии, предок Варначевых мог быть выходцем из этого древнего портового города. Версия правдоподобна, но менее вероятна, чем прозвищная: для русских фамилий, образованных от названий городов, более типичны суффиксы -ский/-цкий (Варненский, Варнавский), а не -ев.

Суффикс -ев (или -ёв) указывает на принадлежность: «чей?» — Варначев, то есть сын Варнача. Фамилия закрепилась в центральных губерниях России и на Урале, но точное место и время её возникновения установить сложно — процесс становления фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий.