Фамилия Варачкина — женская форма, а мужская, Варачкин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: через притяжательный суффикс -ин, который присоединяли к основе, оканчивающейся на -а или -я. В данном случае основа — прозвище или имя Варачка. Что это за основа — главный вопрос, на который у исследователей нет единого ответа, но есть несколько правдоподобных версий.

Самая вероятная версия связывает Варачку с диалектным глаголом «варакать» или «варачить», что в северных и сибирских говорах означало «болтать вздор», «говорить невнятно», «врать». Варачкой могли прозвать пустомелю, вруна или человека с неразборчивой речью. В словаре Владимира Даля «варака» — это «врун, пустобай», а «варакса» — «плакса» или «неряха». Фонетически Варачка легко выводится из этих форм, возможно, через уменьшительный или уничижительный суффикс -к(а). Таким образом, первый носитель фамилии Варачкин — это, скорее всего, потомок человека, имевшего прозвище Варачка за болтливость или несерьёзность.

Менее распространённая, но не менее интересная версия — отглагольное происхождение от «варакать» в значении «плохо, наспех писать» или «малевать». В этом случае Варачка — прозвище плохого писаря, переписчика или иконописца-дилетанта. Такое прозвище могли дать в среде сельских грамотеев или церковных служек. В пользу этой версии говорит то, что фамилия нередко встречается в старых переписях среди крестьян и мещан Русского Севера, где грамотность была редкостью, а любого умеющего выводить буквы могли дразнить за корявый почерк.

Третья, более редкая гипотеза выводит основу из личного имени Варачка как производной формы от крестильных имён Варлам (Варлаам) или Варахиил. В народной речи такие имена часто сокращали до первых слогов и добавляли уменьшительный суффикс: Варлам → Вара → Варачка. Однако эта версия уступает прозвищной, потому что от имени Варлам регулярнее образовывались фамилии Варламов, Варлашкин, а Варачка звучит как явное прозвище, а не как ласкательное имя.

Географически фамилия Варачкин (и Варачкина) тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, Нижегородской. Встречается она нечасто, что подтверждает её диалектное, локальное происхождение. Среди носителей нет известных исторических фигур, но это типичная фамилия-прозвище, которая в быту закрепилась за конкретным родом, возможно, за потомками одного болтливого или неумелого писаря из северной деревни.