Фамилия Варачин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, который указывал бы на отчество от крестильного имени. Окончание -ин здесь есть, но сама основа «Варач» ставит в тупик: в русских святцах такого имени нет.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Варач. В русских говорах «варакать» означало «говорить вздор, болтать, врать». Отсюда Варака — болтун, пустомеля. Прозвище давали человеку несерьёзному, любителю приукрасить или просто словоохотливому. Суффикс -ин в фамилии — притяжательный: «чей?» — Варачин, то есть сын или потомок Варачи. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а.

Вторая версия — топонимическая. Варач могло быть названием речки, урочища или села. Например, в бассейне Оки есть река Вара, а в Тверской области — деревня Вара. Форма «Варач» могла быть местным вариантом названия жителя по берегу такой реки. Тогда Варачин — «выходец с Варача» или «живущий у реки Варач». Эта гипотеза слабее: следов реального географического объекта «Варач» в документах не обнаружено, поэтому прозвищное объяснение правдоподобнее.

Иногда фамилию пытаются связать с тюркским корнем «вар» (есть, имеется) или с глаголом «варить», но это натяжки: слово «варач» не зафиксировано ни в одном из этих значений в русской диалектной лексике.

Варачины — фамилия немногочисленная. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает прозвищную версию: переселенцы из северных губерний несли с собой говоры, где слово «варака» было в ходу. Известных дворянских родов с такой фамилией нет — скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми.