Фамилия Варышко звучит на украинский или белорусский манер, и это ключ к её разгадке. Суффикс -ко (смягчённый вариант -к-о) — один из самых характерных для украинских фамилий, образованных от прозвищ или имён. В польском языке ему соответствует суффикс -ka, но в восточнославянской традиции он часто указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму. В основе фамилии лежит имя или прозвище Варыш, а оно, в свою очередь, восходит к слову «вар» — кипяток, жар, варка. В старину варышем могли назвать того, кто варит пиво, сбитень или кашу, либо человека с горячим, вспыльчивым нравом. Есть и другая версия: в некоторых говорах «варыш» означало нечто испорченное варкой, переваренное — так могли прозвать нерадивого повара.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и южнобелорусским землям, где суффикс -ыш- в прозвищах встречается чаще, чем в центральной России. Встречаются варианты написания: Варишко, Ворышко, но исходная форма с буквой «ы» после «р» — архаичная, она лучше сохраняет звучание древнего прозвища. В русских переписных книгах такая фамилия практически не фиксируется вплоть до XIX века, что подтверждает её локальное, крестьянское или казачье происхождение.

Если сравнивать Варышко с однокоренными фамилиями, то аналогия простая: Вареник, Вареников — от еды, Варнаков — от имени Варнак, а Варышко — от действия. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, был занят на кухне или в производстве, связанном с кипячением: варка мыла, смолы, пива. В дворянские роды эта фамилия не попала, поэтому её носители — потомки простых ремесленников или крестьян, которые в XIX веке, при массовом закреплении фамилий, записались по прозвищу главы семьи.