Фамилия Варишко — редкий случай, когда суффикс выдаёт географию точнее, чем основа. Формант «-ко» однозначно указывает на украинское или белорусское происхождение: это типичный патронимический суффикс, который в XVI–XVII веках вытеснил более архаичные окончания в западнорусских землях. В отличие от великорусских фамилий на «-ов» или «-ин», Варишко — не притяжательное прилагательное, а прозвище, которое застыло в именительном падеже.

Основа «Вариш-» — производная от личного имени Варя (Варяг) или от глагола «варить». Первая версия правдоподобнее: Варя — уменьшительная форма от Варфоломей или Варлаам. В древнерусской традиции такие сокращения (Варя, Вариша) давали в быту, а суффикс «-ишк-» в украинских фамилиях часто выполнял роль уменьшительно-ласкательного, а не уничижительного, как в русском языке. То есть Варишко — это «маленький Варя» или «сын Вари».

Вторая версия — от «варить» — слабее. Прозвища типа Вар, Варило, Вареник встречаются, но суффикс «-ишк-» для них нехарактерен. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо сыном человека по имени Варя (Варфоломей), либо сам носил домашнее прозвище Варишко, которое закрепилось за его потомками.

Фамилия крайне редкая. По данным переписей, основная масса носителей сосредоточена на западе Украины (Волынь, Ровенская область) и в юго-западной Беларуси. В России встречается единично, чаще как результат миграций XX века. Социальный состав предков — скорее всего, крестьяне или мещане, поскольку фамилии на «-ко» в этой среде были массовыми, а дворянские роды предпочитали формы на «-ский» или «-ович».

В написании возможна вариативность: в старых метрических книгах встречается «Варишко» и «Воришко» — путаница из-за аканья. Но этимологически верна форма с «а», так как она восходит к имени Варя, а не к «вор» или «ворошить».