Фамилия Васяков образована по самой распространённой в русском языке модели: от полной или уменьшительной формы крестильного имени через суффикс принадлежности -ов. В основе лежит имя Василий (греч. basileus — «царь, владыка»). От него возникло множество обиходных вариантов: Вася, Васюк, Васяк, Васята, Васяня. Форма Васяк — одна из уменьшительно-ласкательных в ряду Васюк, Васек, Васяк. Суффикс -ак (как в Васняк, Степак, Петрак) придавал имени оттенок просторечия и фамильярности, часто такие формы бытовали в крестьянской и мещанской среде.

Следовательно, Васяков буквально означает «сын Васяка», то есть потомок человека, которого в быту звали Васяк. Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и северных областях России: в документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этим именованием в Вологодском, Костромском и Ярославском уездах. Это указывает на то, что фамилия не была редкой, но и не получила широкого дворянского распространения — она оставалась в основном крестьянской и мещанской.

Существует и менее вероятная версия: в некоторых говорах «васяк» могло быть прозвищем — например, так называли медлительного или рассеянного человека (от диалектного «васять» — мешкать, копаться). Однако большинство ономастов сходятся на том, что первичным здесь всё же было имя, а не прозвище: слишком много фамилий на -яков образовано от личных имён (Петряков, Степаков, Исаков).

Родственные фамилии — Васин, Васюков, Васечкин, Васильев — образованы от других форм того же имени. Васяков выделяется среди них именно суффиксом -ак, который в русской антропонимии встречается реже, чем стандартные -ов/-ев, и придаёт фамилии отчётливый простонародный, «деревенский» колорит.