Фамилия Вауин встречается настолько редко, что её происхождение приходится реконструировать по косвенным данным. В первую очередь бросается в глаза суффикс -ин. Это классический русский патроним (отчество), указывающий на принадлежность: «чей?» — «Вауин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Вауя.

Что такое «Вауя»? В современном русском языке такого слова нет. Скорее всего, это разговорная или диалектная форма крестильного имени. Самый вероятный кандидат — имя Варфоломей. В народной речи оно сокращалось до Вахрамей, Вахруш, а в некоторых говорах — до Вауля или Вауя. Уменьшительные имена на -уя (как Ваня, Тоня) в старину были обычны. Если это так, то предок носителя фамилии был крещён Варфоломеем, а в быту звался Вауей. Редкость фамилии объясняется тем, что само имя Варфоломей было не самым популярным, а форма Вауя — узколокальной.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла быть прозвищной. В некоторых северных и сибирских говорах слово «вау» или «ваука» означало глухой звук, гул, а иногда — нечленораздельную речь. Прозвище Вауя могли дать неразговорчивому или картавому человеку. Однако эта гипотеза слабее, потому что прозвищ с таким корнем в ономастических источниках почти нет.

Географически фамилия тяготеет к северу России и Уралу — именно там чаще всего встречались редкие сокращения от Варфоломея. В центральных областях эту фамилию почти не фиксируют. Сословный состав предков, скорее всего, крестьянский: патронимические фамилии на -ин у крестьян закрепились в основном после отмены крепостного права в 1861 году, хотя отдельные случаи известны и раньше.

Таким образом, носитель фамилии Вауин с высокой долей вероятности ведёт род от человека по имени Вауя — просторечной формы одного из апостольских имён. Фамилия редкая, и её написание устойчиво: вариант «Вауев» (от той же основы, но с другим суффиксом) почти не встречается.