Фамилия Вагин ведет начало от прозвища Вага, которое восходит к старинному славянскому нарицательному «вага» в значении «тяжесть, тягота, вес, сила». Этот корень сохранился в существующих поныне словах «отвага» и «важность». Можно предположить, что основатель рода Вагиных получил свое прозвище, будучи физически сильным, крепким или же полным, тяжелым человеком. Однако прозвище Вага может относиться к профессиональным именованиям, то есть указывать на род деятельности предка: он мог быть весовщиком. Однако слово «вага» в диалектах имело и другие значения: «простой, грубоватый человек», «нетрудолюбивый работник», «шалун, шутник, весельчак». Следовательно, прозвище Вага могло характеризовать предка Вагиных с этих позиций. Также возможно, что основатель рода Вагиных получил прозвище Вага потому, что был выходцем с берегов реки Вага, протекающей в Вологодской и Архангельской областях. По другой версии, фамилия Вагин ведет начало от личного имени Вага — формы древнего имени Евагрий, которое в переводе с греческого означает «счастливый на охоте». В этом случае основатель рода Вагиных, скорее всего, был человеком из простого сословия. Одно из первых упоминаний о фамилии Вагин относится к XVI веку. Так, из письменных источников известен сибирский казак Меркурий Вагин, живший на рубеже XVII—XVIII веков, один из открывателей новых земель. Он был убит при открытии острова Ляховского в 1712 году. Однокоренные именования упоминаются и в «Ономастиконе» академика С.Б. Веселовского, откуда известен посадский человек Вага Павел Гаврилов (1623 год, Гороховец). Нередко это были русские суффиксы принадлежности -ов/-ев, -ин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вага, со временем получил фамилию Вагин. Из людей, прославивших фамилию Вагины, известен Всеволод Иванович Вагин (1823-1900), сибирский историк и этнограф. Фамилия Вагин образована от прозвища Вага. Так обычно называли того, кто жил на берегу реки Ваги (приток Северной Двины). На Севере так в расширительном смысле называли простого, необразованного крестьянина. В таможенных книгах 1675-1676 годов по Устюгу и Тотьме многократно упоминались купцы с Ваги: Важенин Григорий Игнатов, Важенин Леонтий Петров. Согласно другой версии, фамилия образована от прозвища Вага из нарицательного «вага», т.е. «вес, тяжесть». Скорее всего, так могли называть важного человека. В ярославских, северо-двинских говорах это существительное имело значение «мужик, вахлак», в вологодских – «грубый, ленивый человек», в архангельских, вологодских – «шалун, шутник, весельчак». Существует и такая гипотеза: фамилия восходит к старинному редкому мужскому имени Евагрий, которое в переводе с греческого означает «счастливый на охоте». В основе же фамилии лежит краткая форма — Ваган. Веселовского упоминаются: Вага Павел Гаврилов, посадский человек, 1623 г., Гороховец; Ваганков Иван, чернец, 1440 г., Углич Вагин Четвертый, 1610 г., Белоозеро. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вага, со временем получил фамилию Вагин.