Фамилия Вагин — одна из тех, где на одно звучание приходится несколько версий происхождения, и все они имеют право на существование. Самая прямая и очевидная отсылает к реке Ваге — левому притоку Северной Двины, протекающему по Вологодской и Архангельской областям. В этом случае фамилия указывает на место жительства предка: «Вагин» буквально значит «с Ваги, с берегов этой реки». В таможенных книгах Устюга и Тотьмы за 1675–1676 годы многократно упоминаются купцы с Ваги, носившие фамилию Важенин, что подтверждает активное использование топонима для именования людей. На Севере в расширительном смысле «вагой» могли называть и простого, необразованного крестьянина.

Вторая, не менее весомая версия, отталкивается от древнего славянского слова «вага» — тяжесть, вес, сила. Этот корень мы узнаём в словах «отвага» и «важность». Прозвище Вага могли дать физически крепкому, грузному человеку либо весовщику — тому, кто на торгу отвешивал товар. Но диалекты добавляют красок: в ярославских и северодвинских говорах «вага» — это мужик, вахлак; в вологодских — грубый, ленивый человек; в архангельских и тех же вологодских — шалун, шутник, весельчак. Так что прозвище могло характеризовать предка с самой неожиданной стороны.

Третья гипотеза ведёт фамилию к старинному редкому имени Евагрий (от греческого «счастливый на охоте»). Его краткая форма — Вага или Ваган. В «Ономастиконе» академика Степана Веселовского зафиксированы: Вага Павел Гаврилов, посадский человек из Гороховца (1623 год), Ваганков Иван, чернец из Углича (1440 год), а также Вагин Четвертый, упомянутый на Белоозере в 1610 году. Эти ранние записи показывают, что фамилия бытовала уже в XVI–XVII веках.

Известный носитель фамилии — сибирский казак Меркурий Вагин, живший на рубеже XVII–XVIII веков. Он участвовал в открытии новых земель и был убит при высадке на остров Ляховский в 1712 году. В XIX веке прославился Всеволод Иванович Вагин (1823–1900) — сибирский историк и этнограф.