Фамилия Вагины ведет начало от прозвища Вага, которое восходит к старинному славянскому нарицательному «вага» в значении «тяжесть, тягота, вес, сила». Этот корень сохранился в существующих поныне словах «отвага» и «важность». Можно предположить, что основатель рода Вагиных получил свое прозвище, будучи физически сильным, крепким или же полным, тяжелым человеком. Однако прозвище Вага может относиться к профессиональным именованиям, то есть указывать на род деятельности предка: он мог быть весовщиком. Однако слово «вага» в диалектах имело и другие значения: «простой, грубоватый человек», «нетрудолюбивый работник», «шалун, шутник, весельчак». Следовательно, прозвище Вага могло характеризовать предка Вагиных с этих позиций. Также возможно, что основатель рода Вагиных получил прозвище Вага потому, что был выходцем с берегов реки Вага, протекающей в Вологодской и Архангельской областях. По другой версии, фамилия Вагины ведет начало от личного имени Вага — формы древнего имени Евагрий, которое в переводе с греческого означает «счастливый на охоте». В этом случае основатель рода Вагиных, скорее всего, был человеком из простого сословия. Одно из первых упоминаний о фамилии Вагины относится к XVI веку. Так, из письменных источников известен сибирский казак Меркурий Вагин, живший на рубеже XVII—XVIII веков, один из открывателей новых земель. Он был убит при открытии острова Ляховского в 1712 году. Однокоренные именования упоминаются и в «Ономастиконе» академика С.Б. Веселовского, откуда известен посадский человек Вага Павел Гаврилов (1623 год, Гороховец). Нередко это были русские суффиксы принадлежности -ов/-ев, -ин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вага, со временем получил фамилию Вагин. Из людей, прославивших фамилию Вагины, известен Всеволод Иванович Вагин (1823-1900), сибирский историк и этнограф.