Фамилия Вагинский — редкий пример, где географическая основа и модель образования вступают в очевидное, но не единственное родство. Самое прямое объяснение: перед нами типичная «географическая» фамилия на -ский, указывающая на связь с местом. Предок мог получить её при переезде, если был выходцем из села или деревни с названием Вагино, Вагинск или Вага. Таких топонимов в России немало, особенно в северных и центральных областях — например, Вагино в Кировской, Вологодской, Новгородской областях. Кроме того, есть река Вага (приток Северной Двины), и житель её берегов тоже мог стать Вагинским.

Однако суффикс -ский в этой фамилии не обязательно означает дворянское происхождение. В XIX веке такие фамилии активно давали в духовных училищах и семинариях. Семинаристы нередко получали фамилии по названию родного села или прихода — так будущий священник из села Вагинского погоста становился Вагинским. При этом корень «ваг» может восходить не только к топониму, но и к прозвищу. В северных говорах «вага» — это весы, коромысло, а также рычаг или тяжесть. Человек по прозвищу Вага мог быть весовщиком на торгу, либо его так прозвали за медлительность или грузность. От такого прозвища сначала возникла бы фамилия Вагин, а уже от неё, по модели «чей сын», мог образоваться Вагинский — как вариант отчества. Но эта цепочка менее вероятна: фамилии на -ский редко возникали из отчеств на -ин, обычно для этого брали прямое географическое название.

Спорных версий немного. Иногда Вагинский путают с Вагинским как вариантом написания фамилии Вагинский через «о» — но это разные образования. Также встречается написание с одним «н» — Вагинский, что ещё раз подтверждает связь с топонимом Вагино, а не с личным именем. В любом случае, носитель этой фамилии может с большой долей уверенности считать, что его предки либо жили на берегах северной реки Ваги, либо происходили из деревни с таким названием, а возможно, служили в церкви того же прихода.